Chi tiêu của dự án tới ngày 1 tháng 10 năm 1945 là 1,845 tỷ đô la, tương đương với 9 ngày chi tiêu thời chiến với tốc độ chi tiêu vào tháng 8 năm 1945 của Hoa Kỳ, và đạt 2,191 tỉ khi AEC nắm quyền vào 1 tháng 1 năm 1947. Tổng ngân sách phân bổ là 2,4 tỷ đô la. Trên 90% chi phí trên là dành cho xây dựng các nhà máy và sản xuất vật liệu phân hạch, chỉ dưới 10% là cho phát triển và sản xuất vũ khí.[306][307]

Với tổng cộng bốn thiết bị vũ khí được sản xuất tính đến cuối năm 1945(thiết bị Trinity, Little Boy, Fat Man, và một quả bom chưa sử dụng), giá trung bình cho mỗi quả bom lên tới 500 triệu đô la giá đương thời. Để so sánh, tổng chi phí dự án tính đến cuối năm 1945 bằng khoảng 90% chi phí sản xuất các loại vũ khí cỡ nhỏ của Hoa Kỳ (không tính đạn dược) và 34% tổng chi phí vào xe tăng cùng giai đoạn đó.[308]